Tras la exclaustración, el solar del Convento se solicitó en 1839 para albergar un cuartel del Regimiento de Milicias Provinciales, iniciándose en esa fecha un destino militar que se mantiene hasta nuestros días.

Sede del RAMIX 93. Ya hay documentada presencia artillera en Tenerife en 1587, cuando se subieron a la ciudad de San Cristóbal de La Laguna tres piezas de artillería. El cuartel se construyó anexo al santuario de San Francisco de la Laguna, de 1506.

El convento fue confiscado por el estado con la desamortización de 1835, excepto la iglesia y unas viviendas para los sacerdotes. En 1843 fue cedido por la Administración de Bienes Nacionales al Ejército. Se transformó en cuartel y albergó las unidades de La Laguna, siendo la primera el I Batallón Provincial de Canarias. Tras la disolución de las Milicias Canarias y la creación del Ejército Territorial, se ubicó en este cuartel el Batallón de Reserva nº 1. A principios del siglo XX pasó definitivamente a alojamiento artillero, siendo ocupado por la Batería de Montaña de la Comandancia, unidad que llegó a Canarias en el año 1900. Las diferentes unidades artilleras de Tenerife se asentaron en este lugar, siendo en los últimos años la sede del grupo de campaña del RAMIX 93. La gran explanada publica frente al santuario se usaba como campo de maniobras/practicas. En 2013 fue clausurada la instalación.